این مقایسه توسط چندین مارکر ژنتیکی انجام می‌گیرد. این مارکرها توالی‌های تکرار شده از DNA هستند که تعداد آنها در افراد مختلف متفاوت است.

این تفاوت میتواند به عنوان مبنای تمیز و تشخیص DNA افراد مختلف به کار گرفته شود.

علاوه بر این چون هر فرد نیمی از ژن¬های خود را از پدر و نیمی را از مادر دریافت می¬کند، می¬توان روابط خویشاوندی را با استفاده از این مارکرها اثبات کرد.

هنگام مقایسه بین مارکر‌ها اگر فرزند حتی در یک ناحیه با پدر یا مادر فرضی تفاوت داشته باشد، رابطه خویشاوندی تأیید نمیشود.

این آزمایش کاربردهای دیگری هم دارد. نظیر بررسی نمونه های جمع آوری شده از صحنه های جرم، جستجوی اعضاء گمشده خانواده و یا تشخیص هویت از روی آثار باقیمانده از بدن اجساد در سوانحی نظیر سیل و زلزله، آتش سوزیها، سوانح هوایی و زمینی، جنگ ها و …نامه

در هنگام مراجعه جهت نمونه گیری، ارائه ی مدارک شناسایی معتبر و یک قطعه عکس الزامی است.

چنانچه نمونه از نوزادی گرفته می شود که شناسنامه ندارد، ارائۀ گواهی ولادت الزامی است.